小鼠组织基因组DNA提取
从小鼠组织中提取完整、高纯度的基因组DNA,去除蛋白质、RNA等杂质,为PCR、酶切、Southern Blot分析等后续分子生物学实验提供合格的实验材料。
内容预览
试剂及其配制
5 步骤
1.1 准备TE缓冲液
TE缓冲液:PH8.0,由10 mM Tris HCl和1 mM EDTA配成。
1.2 配制RNase A
RNase A(3 mg):使用前加入300 ul无菌双蒸水,煮沸10 min后使其自然冷却后使用,-20 ℃冻存。
1.3 配制Proteinase K
Proteinase K(12 mg):使用前加入600 ul无菌水,分装成小份,-20 ℃冻存。
1.4 处理试剂沉淀
Cell Lysis Solution 与 Precipitation Solution:溶液出现絮状沉淀50 ℃加热溶解后使用。
1.5 自备试剂与耗材
1.2 mol/L NaCl。冰冷乙醇和氯仿自备。
实验器材
1 步骤
2.1 核对实验器材
- 水浴锅
- 普通冰箱
- 1.5/2 ml离心管
- 移液器及枪头
- 紫外分光计
- 离心管架
- 剪刀
- 镊子
- 滤纸
实验步骤
7 步骤
3.1 制备组织匀浆
取30 mg左右新鲜组织,加600 ul TE缓冲液,手工匀浆数次。
3.2 进行细胞裂解
吸取300 ul匀浆加600 ul Cell Lysis Solution,混匀。
3.3 消化组织蛋白
再加入9 ul Proteinase K(可适当增加)混匀,置于55 ℃水浴30 min以上(可达2.5 h),其间上下混匀几次。
30 min
55 ℃水浴
3.4 氯仿抽提去蛋白
加入600 ul氯仿(用户自备),轻柔上下混匀,不能太剧烈,以保证DNA的完整性。
3.5 离心沉淀与分液
在台式离心机上,10000转/分,室温离心2 min。此时应分成三层,基因组DNA在上层中,如未能分层,表明样品与氯仿未混匀(可通过延长离心时间或增加离心速度获得上清)。
2 min
室温离心
取500 ul上清液,置于无菌1.5 ml离心管中,加入500 ul Precipitation Solution,混匀多次至出现絮状物,室温静置2 min。
2 min
室温静置
10000转/分,离心2 min。
2 min
离心
3.6 去除残留RNA
弃除上清,注意不要倒掉沉淀,立即加入100 ul 1.2 mol/L NaCl,轻轻振荡直至DNA样品完全溶解,加入3 ul RNase A,置于37 ℃ 10 min,以去除RNA。
10 min
37 ℃孵育
3.7 沉淀并溶解DNA
加入300 ul冰冷乙醇(终浓度为75%,沉淀效果最佳),-20 ℃放置10 min。10,000转/分,离心2 min。倒掉乙醇,倒置室温干燥10~15 min。若DNA量多,可再重复沉淀一次。DNA用TE缓冲液或100 ul三蒸水溶解。
10 min
-20 ℃放置
2 min
离心
10 min
室温干燥
注意事项
7 步骤
4.1 避免样品反复冻融
应避免多次冻融样品,因为每次冻融都大大降低完整DNA的产率。
4.2 优化离心条件
加氯仿充分混匀,若离心后上清不到500 ul,可适当延长离心时间或增加离心速度。
4.3 剪枪头防虹吸
吸取DNA上清时,可用剪刀稍剪枪头尖部,以防止虹吸现象。
4.4 灵活调整比例
操作步骤中许多数值可进行成比例改变,如上清与预备液按1:1,氯化钠与无水乙醇按1:3等。
4.5 高转录样本处理
转录活性很高的组织或细菌中通常含有大量的RNA,他们可能与DNA一起被分离出来。RNA的存在并不影响PCR反应。如果需要制备RNA- free的基因组DNA。可在第6步加入200 ul的RNase A,37 ℃保温10 min即可。
4.6 纯度判定参考
用分光光度计测量DNA含量按1 OD260=50 mg 基因组DNA;进行0.7%琼脂糖凝胶电泳判定DNA的完整性,也可以判定样品中是否有RNA。本试剂盒可抽提长抵达50kb以上的DNA。一般在DNA样品,OD260/OD280比值大于1.8,可能存在RNA;OD260/OD280比值小于1.6,可能存在蛋白质或酚。但RNA样品中OD260/OD280比值小于2可能存在蛋白质或酚,均需要进一步纯化。
4.7 PCR加样参考
通常50ul体系PCR反应中用1~5 ul DNA。
来源
小白实验整理 · 官方发布
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